Скруллы были мирной цивилизацией, но однажды они вступили в контакт с Крии - расой воинов, захватывающих все пригодные для жизни планеты. Чтобы выжить, Cкруллам пришлось вести войну против них. В качестве арены для боя была выбрана недавно обнаруженная Cкруллами планета Земля, жители которой не имели возможности сопротивляться двум космическим империям. Однако неожиданно обе инопланетные цивилизации встретили сильнейший отпор со стороны земных супергероев. И Крии, и Cкруллы временно отступили, чтобы обдумать дальнейшие действия.
Тем временем на земле Железный Человек собрал команду "Иллюминаты", в которую вошли самые могущественные и влиятельные супергерои: лидер Фантастической Четвёрки Рид Ричардс (он же Мистер Фантастик), Высший Волшебник Доктор Стрэндж, царь Атлантиды Нэмор, лидер Людей Икс Чарльз Ксавьер и король нелюдей Чёрный Гром. Иллюминаты не поддержали идею Тони Старка о создании единой армии супергероев для защиты от пришельцев. Но вскоре эта команда предприняла дерзкую вылазку на планету Cкруллов: Стрэндж телепортировал героев прямо на корабль императора.
Иллюминаты заявили, что не позволят использовать Землю в качестве поля боя. Однако урегулировать конфликт мирным путём не удалось. Тогда Чёрный Гром разрушительной силой своего голоса устроил сильнейший взрыв на корабле. Иллюминаты попытались покинуть планету, но были схвачены. Спустя короткое время Тони Старку удалось устроить побег. Но всё же Cкруллы получили образец ДНК всех Иллюминатов и броню Железного человека.
Иллюминаты ясно понимали, что пришельцы рано или поздно решат отомстить. Оставалось лишь надеяться, что это будет небольшая атака, а не полномасштабное вторжение.
В последующие несколько лет дела у Империи Скруллов пошли из рук вон плохо. Война с Крии закончилась, но вскоре планета, где находилась столица Империи, была уничтожена Галактусом. Скруллы были вынуждены жить на космических кораблях и станциях. Возникла острая необходимость в пригодной для жизни планете со всеми необходимыми ресурсами. Лучше всего подходила Земля.
Супергероиня Майя Лопез, также известная как Эхо попала в плен к клану японских преступников под названием "Рука", которым руководила Электра Начиос. С помощью гипноза и галлюциногенов она попыталась склонить Майю на свою сторону, но на помощь к девушке пришли Новые Мстители. Завязался бой, в ходе которого Эхо убила Электру. Ниндзя "Руки" неожиданно отступили, а тело Электры приняло свою настоящую форму - форму скрулла.
Мстители отправились домой на самолёте Железного Кулака, забрав тело с собой. Возникло множество вопросов. Как долго Cкрулл притворялся Электрой? Где настоящая? Не для того ли похитили Эхо, чтобы заменить и её? Скольких ещё людей Cкруллы успели заменить?
Не найдя ответов, Мстители стали спорить, что делать с телом. Женщина-Паук предлагала отдать его Тони Старку. Однако большинство героев сочло, что Старк, скорее всего, тоже Скрулл.
В это время в Нью-Йорке Могучие Мстители сражались с Альтроном, который захватил контроль над экспериментальным устройством, отключившим все двигатели вокруг. Самолёт Новых Мстителей потерпел крушение. Женщина-паук, не пострадавшая во время аварии, вступила в бой с Росомахой, ослабленным после падения, победила его и всё-таки забрала тело Электры. Как она и собиралась, она отнесла его Тони Старку.
Старк сразу понял, насколько опасно присутствие Скруллов среди людей. Он в очередной раз собрал Иллюминатов, чтобы предупредить их об угрозе. Но Чёрный Гром тоже оказался Скруллом, который обладал способностями всей команды. Он напал на героев, чтобы отобрать у них тело, но был убит Нэмором. После этого Иллюминаты были атакованы ещё тремя Суперскруллами, каждый из которых совмещал в себе силы нескольких героев. Железный человек устроил мощнейший репульсорный взрыв, и пришельцы были вынуждены отступить.
Иллюминаты осознали, что Электра и Чёрный гром были не единственными скруллами, тайно присутствовавшими на Земле. Они перестали доверять друг другу, и команда распалась.
Через несколько недель после убийства Капитана Америки домой к «Дум–Думу» Дугану — агенту организации Щ.И.Т и близкому другу Ника Фьюри — бывшего главы Щ.И.Т.а, пропавшего после событий Тайной Войны, приходит Графиня Валентина Аллегра Де-Фонталь. Она ищет Ника Фьюри. Выяснив, что Дуган ничего не знает о нынешнем местонахождении своего бывшего начальника, Валентина тяжело ранит «Дум-Дума»: из ее правой руки вырастают три когтя, точно как у Росомахи. На глазах умирающего Дугана Графиня принимает его облик.
Спустя приличный период времени, когда Электра и Черный Гром были уже разоблачены, Тони Старк попросил о помощи Мистера Фантастика и Хэнка Пима, которые были его ближайшими соратниками во время Гражданской Войны. Рид и Хэнк должны были изучить тело Электры и выяснить, почему никто не мог разоблачить её.
Тем временем агент "Дум-Дум" Дуган, друг Ника Фьюри и один из лучших агентов Щ.И.Т.а, прибыл на космическую станцию, где базировалось одно из подразделений этой службы - М.Е.Ч. Служащие М.Е.Ч.а обнаружили, что к Земле приближается грузовой звездолёт Скруллов. Было рассчитано, что он должен приземлиться на Дикой Земле - загадочной и малоизученной области в Антарктиде, где благодаря близости слоёв магмы к поверхности сохранялся тропический климат и обитали доисторические животные.
Как только Железный Человек узнал об этом, он потребовал мобилизовать Могучих Мстителей и подготовить самолёт Квинджет к полёту на Дикую Землю. Однако Женщина-Паук сообщила всё Новым Мстителям, с которыми продолжала поддерживать связь. Нелегальные герои телепортировались на крышу Башни Мстителей при помощи Плаща и угнали Квинджет. Могучие Мстители были вынуждены лететь на другом самолёте. Тем не менее, обе команды добрались до Дикой Земли почти одновременно. Схватка между ними казалась неизбежной, но тут свою атаку начали Скруллы.
В лаборатории Железного Человека Скрулл, притворявшийся Хэнком Пимом надолго обезвредил Рида Ричардса, которому как раз удалось выяснить, почему никто не мог обнаружить Скруллов.
В Башне Мстителей дворецкий Тони Старка, Эдвин Джарвис - тоже Скрулл, загрузил во все компьютеры производства Старк Энтерпрайзис инопланетный вирус. Это вывело из строя броню Железного Человека, техновирус Экстримис, с помощью которого Тони управлял бронёй, и технику Щ.И.Т.а по всему миру.
Скрулл-Дуган устроил взрыв на станции М.Е.Ч.а. Выжившие агенты оказались в открытом космосе в небольших защитных оболочках с мизерным запасом воздуха. Тем временем к земле приближался огромный космический флот Скруллов.
Отключённый Джарвисом Авианосец Щ.И.Т.а потерпел крушение и упал где-то в районе Бермудского Треугольника.
Ещё один Скрулл под видом Невидимой Леди проник в Здание Бакстера и активировал портал в Негативную Зону, который стал постепенно поглощать окружающее пространство.
А из корабля Скруллов на Дикой Земле вышло несколько десятков точных копий земных супергероев, какими они были пару лет назад.
Конечно, все прибывшие на корабле герои были Скруллами, но им удалось ввести в заблуждение некоторых настоящих Мстителей. В частности, Ронин поверил, что вышедшая из корабля Пересмешница, его жена, которую все считали погибшей, настоящая. Скрулл-Вижн принял облик Мрака и заставил самого могущественного из настоящих героев, Часового, в панике покинуть поле боя.
Итак, Рид Ричардс был схвачен, остальная Фантастическая Четвёрка вместе со Зданием Бакстера попала в Негативную Зону, а обе команды Мстителей оказались на Дикой Земле лицом к лицу с огромным отрядом пришельцев. Тем временем несколько Суперскруллов, объединяющих способности разных героев высадились прямо в центре Нью-Йорка. Им пытались противостоять Юные Мстители, Секретные Воины во главе с Ником Фьюри, а также герои из проекта "Инициатива", но вскоре все они были вынуждены отступить.
На некоторое время на Земле перестали работать все телеканалы, радиостанции, весь Интернет, и т.д. Затем всё снова заработало, и Скруллы передали на весь мир сообщение о том, что Земля теперь часть их империи. Они объявили, что не будут осуществлять никакого вмешательства в жизнь простых людей и что земляне полностью сохранят свои государства, языки и культуру. Кроме того, Скруллы пообещали заняться урегулированием военных конфликтов и экологических катастроф. Вторжение на планету было объявлено законченным.
На самом деле новые правители Земли вовсе не были такими добрыми и справедливыми. Примером этого послужило нападение на мирных жителей отряда суперскруллов в Гринвич-Виллидж. Смириться с переменами означало бы обречь человеческую цивилизацию на гибель.
На Дикой Земле Тони Старк нашёл укрытие и попытался перезагрузить броню. Но тут его встретила Женщина-паук - на самом деле императрица скруллов, Веранке. Она воспользовалась полубессознательным состоянием Железного человека и попыталась внушить ему, будто на самом деле он - лучший агент скруллов, которому стёрли память, чтобы он лучше справился со своим заданием и ничем себя не выдал. К счастью, вовремя появилась Чёрная Вдова. Она не успела схватить Веранке, но помогла Старку прийти в себя.
Что удивительно, "спящий агент", не помнящий кто он на самом деле и не осознающий, что выполняет задание, действительно существовал. Только это был не Тони Старк, а Капитан Марвел, который, как все думали, вернулся к жизни во время Гражданской войны. Когда началось вторжение, к нему вернулась память, и он напал на Нормана Озборна и его отряд "Громовержцы". Однако искусственно занесённая в его разум личность Мар-Велла оказалась сильнее настоящей. Марвел вышел из-под контроля скруллов и вскоре умер от физического и нервного напряжения, успев попросить юного воина Крии Нох-Варра спасти Землю.
В это время находившаяся в открытом космосе агент Брэнд, директор М.Е.Ч.а, проникла на один из звездолётов скруллов и освободила Мистера Фантастика. Ричардс создал устройство, блокирующее способность скруллов к изменению внешности. Вместе с агентом Брэнд он угнал один из кораблей пришельцев, и они отправились на Дикую землю, где с помощью нового устройства помогли Мстителям разобраться, кто есть кто, и быстро одолеть фальшивых героев.
Мстители вернулись обратно в Нью-Йорк, где они объединились со всеми уцелевшими героями, а также с Секретными Воинами Ника Фьюри, Громовержцами Нормана Озборна, и даже со злодейской бандой Капюшона, члены которой понимали, насколько важно одолеть скруллов. Пришельцы тоже не теряли времени даром. За короткое время они перебросили в Нью-Йорк все свои силы.
Центральный парк был выбран неслучайно. Это большое относительно открытое пространство, где легко смогли разместиться как многочисленные земные сверхлюди, так и полчища скруллов. Началось грандиозное сражение, в ходе которого появился Наблюдатель Уату. Это означало, что когда бой закончится, мир уже не станет прежним.
Без вируса Экстримис броня Железного Человека не могла работать на полную мощность, и ему пришлось отправляться в Башню Мстителей за старыми доспехами, более примитивными, зато не требующими наличия Экстримиса. А на подмогу героям прибыл Нох-Варр, теперь выступающий под именем Капитана Марвела.
В разгар битвы Оса вспомнила о небольшом устройстве, которое подарил ей Хэнк Пим на годовщину свадьбы. Оно должно было дать ей способность увеличиваться в размерах. Оса воспользовалась этим устройством и действительно увеличилась, но её тело превратилось в гигантскую живую бомбу. Тору пришлось уничтожить Осу, прежде чем страшный взрыв сравнял бы Нью-Йорк с землёй.
Приведённые в ярость её гибелью, остальные герои бросились в бой с удвоенной силой. Росомаха уже готов был растерзать Веранке, когда неожиданно для всех Норман Озборн застрелил её.
Когда скруллы остались без командования, оставшиеся наземные силы быстро сдались. Тор начал сбивать вражеские космические корабли, а Железному Человеку удалось захватить один из них. Тони посадил корабль и открыл грузовой отсек. К величайшему удивлению героев, внутри оказались настоящие Женщина-Паук, Хэнк Пим, Женщина-Невидимка, Джарвис, Пересмешница, Чёрный Гром, Электра и все остальные земляне, которые были заменены скруллами. Как оказалось, пришельцы не хотели полагаться только на свои природные способности к смене внешности и усовершенствовали их искусственно. Никто не мог их обнаружить именно потому, что они постоянно поддерживали связь с организмами настоящих героев, находившихся в анабиозе.
Общественность и правительство были крайне недовольны тем, что Тони Старк, как директор Щ.И.Т.а, не смог ничего предпринять, чтобы предотвратить или остановить вторжение. Старк был уволен, а Щ.И.Т - закрыт. Теперь главной фигурой, отвечающей за безопасность страны, стал человек, который, как всем показалось, лучше всех проявил себя в критической ситуации - Норман Озборн. Времена, когда он был самым главным копом мира, стали для настоящих супергероев самым тяжёлым этапом в их и без того непростой истории.
