Много лет назад Железный человек собрал команду «Иллюминаты», в которую вошли Мистер Фантастик, Чёрный Гром, Нэмор/Подводник, Доктор Стрэндж и профессор Чарльз Ксавьер. Он предложил создать единую армию супергероев, объединив существующие команды и героев-одиночек. Однако идея Тони Старка не нашла поддержки.

Спустя годы Конгресс США разработал законопроект под названием «Акт о Регистрации Супергероев». Он предусматривал насильственную регистрацию абсолютно всех обладателей суперспособностей и их вербовку в антитеррористическую службу ЗАЩИТА. Пока существование законопроекта держалось в тайне, но некоторые люди, занимающие высокое положение уже знали о нём. Среди таких были Тони Старк и директор ЗАЩИТЫ Мария Хилл.

Железный человек вновь созвал Иллюминатов. Он предложил им свою стратегию противодействия Акту: притвориться, что полностью согласны, а, став легальными супергероями, т.е. офицерами ЗАЩИТЫ, влиять на систему изнутри, бороться с её недостатками. В конце концов, по его плану, должна была получиться настоящая объединённая армия супергероев, о которой он мечтал, причём всю бумажную работу делали бы государственные служащие, а не сами герои.

Мнения команды разделились. Профессора Икс не было на этом собрании, но остальные выразили своё мнение. Рид Ричардс (Мистер Фантастик) поддержал идею Тони, Доктор Стрэндж, напротив, заявил, что «нельзя отступать перед невежеством и страхом», а Нэмор категорически отказался вмешиваться в дела поверхностных обитателей.

Тони Старк предпринял ещё одну попытку помешать принятию Акта. Вместе со своим другом и ближайшим помощником Питером Паркером/Человеком-Пауком он отправился в Вашингтон. Там они встретились с несколькими сенаторами, конгрессменами и министрами и попытались объяснить всю нелепость подобного закона. Речь Паркера могла повлиять на решение политиков, но, поскольку он выступал как Человек-Паук и отказался снимать маску, его слова не могли быть внесены в протокол. Тони Старк даже заказал Титановому Человеку убийство самого себя. Ничего не подозревающий Паук спас Тони, после чего тот ещё раз попытался объяснить политикам, какой опасности может подвергнуть Акт всех героев в случае утечки информации о тайнах их личностей. Однако его аргументы не подействовали. Стало ясно, что Акт примут, как только найдётся повод.

Телевизионное реалити-шоу «Новые Воины» показывало, как его участники боролись с преступностью. Во время съёмки одного из выпусков в городке Стамфорд, штат Коннектикут были обнаружены четверо суперзлодеев, недавно сбежавших из тюрьмы. Новые Воины попытались схватить их, но злодею по имени Нитро удалось вырваться из-под облавы. Он добрался до ближайшей школы, где устроил взрыв невероятной силы. В результате взрыва погибло 612 человек, включая большинство находившихся в школе и почти всех Новых Воинов. Весь мир в ужасе просматривал их последнюю видеозапись, где лидер команды, Скорость, убедил остальных участников шоу ради поднятия рейтинга попытаться справиться со злодеями самостоятельно, не дожидаясь прибытия Новых Мстителей. Именно Скорость был обвинён в произошедшем. Единственный выживший Новый Воин, он был заключён в тюрьму.

Общество ополчилось против всех супергероев. Во время панихиды по погибшим политическая деятельница Мириам Шарп, потерявшая сына, обвинила во всём Тони Старка. По её словам, финансируя команду Мстителей, он убеждал героев ставить себя выше закона. Спустя несколько дней Человек-факел был избит разъярённой толпой и госпитализирован. Люди требовали узаконить деятельность героев, обучать их, прежде чем выпускать на улицы. Правительство решило, что настал идеальный момент для принятия «Акта о Регистрации Супергероев».

Трагедия в Стэмфорде стала большим толчком к массовым протестам обычных граждан против действий супергероев, но, самое главное, к принятию закона «Акт о регистрации суперлюдей». Он гласит, что каждый, кто имеет необычные для простого человека способности, должен подписать документ о гражданской регистрации, тем самым, тем самым, зачисливаясь на службу государству. И, как государственный работник, зарегистрированный герой получает заработную плату, но, вместе с этим, одним из условий регистрации является публичное раскрытие личности, скрываемой под маской. Закон является обязательным, и за отказом последует арест.

Со стороны супергероев, в большей мере поддержал Акт Железный Человек, который также предложил план проекта «Инициатива». Целью проекта было создание команд из зарегистрированных суперлюдей в каждом штате США, а также тренировочные базы для молодых, неопытных или просто не обученных героев. Также поддержали закон Рид Ричардс, Хэнк Пим, Мисс Марвел, убежденный Старком Человек-Паук и другие.

Противником регистрации стал: Стив Роджерс – Капитан Америка, посчитавший, что она нарушает права человека. Но также в команде Кэпа есть и другие протестующие, такие как Люк Кейдж, Росомаха, Сорвиголова, Сью Ричардс, Джонни Шторм, часть Юных Мстителей и другие, началась охота. Пойманных отправляли в тюрьму в Негативной зоне.

Началась ожесточенная борьба между бывшими друзьями. Незарегистрированные герои пытались освободить арестованных протестующих. Было несколько больших столкновений, и в одном из них появился клон Тора, созданный Ричардсом и Пимом (настоящий Тор в то время перерождался, после Рагнарока – периодической смерти скандинавских богов. Вдруг, вышедший из-под контроля, он убил великана Голиафа – это повлияло на сильное ухудшение отношений между Сью и Ридом Ричардсом. Человек-Паук, после раскрытия личности (это было одной из наилучших фишек Гражданки) пересмотрел свой выбор и присоединился к Кэпу. Все эти события позволили взглянуть на привычных нам героев с другой стороны: даже Капитан Америка пред одной битвой обманом вывел из строя Железного Человека. Как сказал сам Марк Миллар (сценарист Гражданской Войны): «Супергерои сейчас такие, какими я их помню с детства: не доверчивыми и постоянно сражающимися друг с другом».

Плащ телепортировал всех участников битвы в Нью-Йорк, на Таймс Сквер, где бой разгорелся с новой силой. Неожиданно Нэмор привёл войско атлантов, чтобы помочь Капитану Америке и его Тайным Мстителям. Тогда Тони Старк приказал задействовать участников проекта «Инициатива». Среди них был и недавно возвращённый к жизни Капитан Марвел.

Тем временем Геркулес уничтожил Киборга-Тора. Пока Капитан Америка проводил отвлекающий манёвр, Вижн отключил броню Железного Человека. Затем Кэп практически полностью разрушил её несколькими мощными ударами, и Тони Старк понял, что проиграл. Никогда прежде он не видел Роджерса в такой ярости. Видимо, поэтому он сказал: «Чего ты ждёшь, Стив? Убей меня». Капитан занёс руку для решающего удара, но мы так никогда и не узнаем, хотел ли он сделать его смертельным. На Роджерса набросилось несколько жителей Нью-Йорка, которые вместо того, чтобы эвакуироваться с поля битвы, решили помочь Железному Человеку. И тогда Кэп понял, что супергерои существуют для людей, а не наоборот. А обычные люди хотят быть уверенными, что могут доверять тем, кто их защищает, но доверять они могут только тем, кто соблюдает законы, а не воюет против целой страны. Капитан Америка приказал Тайным Мстителям прекратить сопротивление и сдаться. Гражданская война закончилась.

Спустя некоторое время после битвы на химическом заводе Тони Старк и Стив Роджерс/Капитан Америка в тайне от всех встретились в заброшенном особняке Мстителей. Они хотели обсудить дальнейшие отношения между своими командами и возможность перемирия. Однако ни один из них не пожелал слушать другого, и встреча закончилась потасовкой. Впрочем, на этот раз они не забывали, что являлись старыми друзьями и не пытались покалечить друг друга. Старк сражался без брони, а Роджерс – без щита. В этой драке не было победителя и проигравшего: оба героя одновременно прекратили бой. Они поняли, что не контролировали себя, и решили встретиться вновь, но позже, когда будут уверены, что разговор опять не перейдёт в драку.

Кэп и Железный человек покинули особняк в расстроенных чувствах и вернулись к своим командам. А тем временем события продолжали развиваться.

Тони Старк был назначен директором ЗАЩИТЫ.

Некоторые сторонники Капитана зарегистрировались и получили полную амнистию.

Мстители так и не воссоединились. Вопреки приказу Капитана, Человек-Паук, Доктор Стрэндж, Люк Кейдж, Росомаха, Женщина-Паук, Железный Кулак и Ронин ушли в подполье и продолжили сопротивляться Акту о Регистрации. Они стали известны как Новые Мстители. Железный Человек сформировал команду под названием Могучие Мстители. Он принял в неё самых могущественных легальных героев: Мисс Марвел, Чудо-Человек, Осу, Ареса, Часового и Чёрную Вдову.

Проект «Инициатива» был воплощён в действительность. Мечта Тони Старка об армии супергероев осуществилась.

Но все эти события меркнут по сравнению с одним.

Капитан Америка погиб. Его убийство на пороге здания суда было подстроено Красным Черепом. Многие обвинили в случившемся Железного Человека. Сам Старк, стоя перед телом Роджерса, который даже после этой войны оставался его другом, сказал: «Это того не стоило».